調べましたが改造15回以上でHPなら1000その他の項目は１、改造25回以上でHPなら2000その他の項目は２で35回以上で3000と３です。補正されるのは一つの項目のみで改造回数の同じ項目がある場合は並びが上の項目が補正対象になります。これにパイロットのLv補正を加えますと最大上昇値はHPで4000、ENで10、その他は9です。ちなみに改造回数で付く補正は次の開発までです。
例)ジオングで20回HPを改造し(上昇させ)パーフェクトジオングに開発しLv55のパイロットを乗せてLvUPさせるとHPなら2000、ENは7、その他は6上昇しますがすぐグレートジオングにしたしまうとHPは1000しか上昇しません。